Το Ίδρυμα στεγάζει τις υπηρεσίες του σε τρία ανεξάρτητα κτίρια, στην κεντρική πλατεία της Μυρτιάς. Στο πρώτο και παλαιότερο στεγάζεται η έκθεση, στο δεύτερο οι διοικητικές υπηρεσίες και στο τρίτο ο Πολυχώρος του Μουσείου.

Κτίριο Έκθεσης

Το διώροφο οίκημα, που σήμερα στεγάζεται η Έκθεση, κτίστηκε στον χώρο όπου βρισκόταν το πατρικό σπίτι της οικογένειας Ανεμογιάννη. Οι οικογένειες του Ανεμογιάννη και του Καζαντζάκη συνδέθηκαν συγγενικά μετά από ένα γάμο, ενώ ο ίδιος ο Καζαντζάκης συνδέθηκε φιλικά με τον πατέρα του Γιώργου Ανεμογιάννη, τον Αντώνη Ανεμογιάννη. Επρόκειτο για ένα μεγάλο διώροφο σπίτι με παραδοσιακά αρχιτεκτονικά στοιχεία, στην κεντρική πλατεία της Μυρτιάς. Στο οίκημα έζησε για κάποια χρόνια ο καπετάν Μιχάλης, ενώ φιλοξενήθηκε κάμποσες φορές ο Νίκος Καζαντζάκης, όντας περαστικός από το χωριό. Ακριβώς δίπλα, βρισκόταν ένα μικρό σπίτι, μόλις 45 τετρ. μέτρων, όπου έμεναν οι συγγένισσες του συγγραφέα, οι Ψωμοπούλες, το οποίο αργότερα προστέθηκε στο αρχικό οίκημα της οικογένειας Ανεμογιάννη.

Στα 1975, ο Γιώργος Ανεμογιάννης απέκτησε την πλήρη κυριότητα του οικήματος και αργότερα, με μια τολμηρή και φιλόδοξη έμπνευση (όπως αναφέρει ο ίδιος), σκέφτηκε να ιδρύσει εκεί το Μουσείο. Με συμβολαιογραφική πράξη, το οικόπεδο μεταβιβάστηκε στην κοινότητα Μυρτιάς (Βαρβάροι), με τον αμετάκλητο όρο, πως θα έπρεπε να μετατραπεί απαραίτητα σε Μουσείο αφιερωμένο στον Νίκο Καζαντζάκη. Με την ολοκλήρωση της ανέγερσης, το κτίριο ματαβιβάστηκε στο Ίδρυμα «Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη», το οποίο συνέστησε στο μεταξύ ο Γιώργος Ανεμογιάννης. 

Το 2009, το διώροφο κτίριο που στεγάζει τη Μόνιμη Έκθεση ανακαινίστηκε ριζικά, με συγχρηματοδότηση της Ευρωπαϊκής Ένωσης, παρουσιάζοντας μια νέα πρόταση έκθεσης των συλλογών του Μουσείου. Η Έκθεση εμπλουτίστηκε με νεότερα «καζαντζακικά» αποκτήματα, έγινε ευκολότερα επισκέψιμη από ΑμεΑ, εκσυγχρονίστηκε και εξοπλίστηκε με τεχνολογικά μέσα, δημιουργώντας έτσι την εικόνα ενός σύγχρονου και δυναμικού μουσείου. 

Κτίριο Διοίκησης

Η δόμηση του κτιρίου Διοίκησης ολοκληρώθηκε το 2002 με την ευγενική δωρεά του Ιδρύματος Σταύρος Νιάρχος, ενώ το 2009, παράλληλα με την ανακαίνιση της Μόνιμης Έκθεσης, αναβαθμίστηκε η υλικοτεχνική υποδομή και η οργάνωσή του.  

Στο όροφο του κτιρίου στεγάζονται τα γραφεία, η αίθουσα του Διοικητικού Συμβουλίου, η Βιβλιοθήκη και το Αρχείο, ενώ στο ισόγειο η αίθουσα συνεδρίων και εκδηλώσεων «Γ. Ανεμογιάννης».

Η αίθουσα «Γ. Ανεμογιάννης», χωρητικότητας 170 ατόμων, χρησιμοποιείται για τη διοργάνωση ποικίλων εκδηλώσεων και συνεδρίων και διατίθεται σε κάθε ενδιαφερόμενο φορέα.

Πολυχώρος

Ο Πολυχώρος στεγάζεται σε γειτονικό στην Έκθεση κτίριο, η χρήση του οποίου παραχωρήθηκε στο Μουσείο από τον Δήμο Αρχανών-Αστερουσίων. Η κατασκευή του χρηματοδοτήθηκε από το Πρόγραμμα Leader, ενώ στην αναβάθμιση και στην προμήθεια του εξοπλισμού συνέβαλε με δωρεά το Ίδρυμα Σταύρος Νιάρχος. 

Στον Πολυχώρο στεγάζονται το Πωλητήριο, το Kαφέ και η Παιδική Γωνιά. 

Οι επισκέπτες μπορούν να απολαύσουν τον καφέ ή το ποτό τους, να προμηθευτούν αναμνηστικά και δώρα από το Πωλητήριο, ενώ οι μικροί επισκέπτες έχουν τη δυνατότητα να απασχοληθούν δημιουργικά στην Παιδική Γωνιά.