Η συγκρότηση του Αρχείου Καζαντζάκη, ενός από τα μεγαλύτερα λογοτεχνικά αρχεία της Ελλάδας, ξεκίνησε το 1976 από τον ιδρυτή του Μουσείου, Γιώργο Ανεμογιάννη (για το ιστορικό της συγκρότησης του Αρχείου, πατήστε εδώ). Τον πρώτο πυρήνα αποτέλεσαν οι επιστολές του Νίκου Καζαντζάκη προς τον πατέρα του, Αντώνη Ανεμογιάννη, που βρήκε ανάμεσα στα κατάλοιπά του. Οι συλλογές εμπλουτίστηκαν αρχικά και ουσιαστικά από τη δωρεά σημαντικού μέρους του κατατετμημένου προσωπικού αρχείου του συγγραφέα από τη σύζυγό του Ελένη. 

Την προσπάθεια του Ανεμογιάννη στήριξε με τις δωρεές του πλήθος ιδιωτών, που κατείχαν οποιοδήποτε άμεσο ή έμμεσο τεκμήριο της ζωής και του έργου του συγγραφέα. Δεν ήταν λίγοι εκείνοι, που είδαν στο Ίδρυμα το φυσικό χώρο για τη φύλαξη, έκθεση και προβολή του υλικού που κατείχαν. Η Άννα Σικελιανού, με τη δωρεά των επιστολών του Νίκου Καζαντζάκη προς τον Άγγελο Σικελιανό, η Μαρίκα Παπαϊωάννου, με τη δωρεά των επιστολών του Νίκου Καζαντζάκη προς το σύζυγό της Αιμίλιο Χουρμούζιο, η Ruth Gorney-Dunkelblum, με τη δωρεά των επιστολών του Νίκου Καζαντζάκη προς τη μητέρα της Leha Levin-Dunkelblum είναι μερικοί από τους ιδιώτες που έχουν καταθέσει τεκμήρια του βίου και της δημιουργίας του συγγραφέα στο «πνευματικό του σπίτι». 

Έτσι, συγκεντρώθηκαν περισσότερα από 50.000 τεκμήρια, τα οποία είναι ταξινομημένα στις παρακάτω κατηγορίες:

Πρόκειται για ένα πλούσιο, ενεργό και ανοιχτό αρχείο που αδιάλειπτα από την ίδρυση του Μουσείου ως σήμερα εμπλουτίζει τις συλλογές του με νέα τεκμήρια τα οποία συντηρεί, διαφυλάσσει και αναδεικνύει. Η πρόσκτηση υλικού προέρχεται κυρίως από δωρεές.

Για τη διάσωση και ανάδειξη του Αρχείου Καζαντζάκη το Ίδρυμα έχει προχωρήσει ως σήμερα στη διεκδίκηση και υλοποίηση μεγάλων επιχειρησιακών προγραμμάτων:

  • Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Πολιτισμός», «Αναβάθμιση υφιστάμενης υποδομής και βελτίωση παρεχόμενων υπηρεσιών του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη», 2008-2009.
  • Επιχειρησιακό Πρόγραμμα «Κοινωνία της Πληροφορίας», «Ψηφιοποίηση, τεκμηρίωση και πολυμεσική προβολή των πολιτιστικών συλλογών και εκθεμάτων του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη», 2007-2008, και «Ψηφιοποίηση, ανάδειξη και αξιοποίηση των πολιτιστικών τεκμηρίων και συλλογών του Μουσείου Νίκου Καζαντζάκη», 2005-2007.

Τα παραπάνω προγράμματα έδωσαν τη δυνατότητα στο Μουσείο να προχωρήσει ουσιαστικά στα παρακάτω: 

  • Προληπτική συντήρηση και αποκατάσταση βιβλιοδετημένων χειρόγραφων έργων, λυτών σελίδων, επιστολικών δελταρίων, εγγράφων, έντυπων βιβλίων, έργων τέχνης και διαφόρων αντικειμένων
  • Ψηφιοποίηση και τεκμηρίωση σχεδόν του συνόλου των σπάνιων τεκμηρίων που είχε στις συλλογές του σύμφωνα με διεθνή πρότυπα και προδιαγραφές
  • Ανάδειξη και δημοσιοποίηση ενός μεγάλου και άγνωστου μέχρι σήμερα τμήματος αρχειακού υλικού με την κατασκευή ιστοσελίδας αποκλειστικά για την προβολή της ζωής και του έργου του συγγραφέα http://www.kazantzaki.gr/index.php?level=9&lang=el... αλλά και με τη δημιουργία πολυμεσικού δίσκου «Νίκος Καζαντζάκης. Η ζωή και το έργο» και πολλών άλλων ψηφιακών εφαρμογών

Το Μουσείο, για τα αποτελέσματα αυτών των έργων, έλαβε βραβείο Αριστείας, ενώ τιμήθηκε επιπροσθέτως, μαζί με άλλους φορείς, με τη διάκριση της Βέλτιστης Πρακτικής, αφού συγκέντρωσε υψηλή βαθμολογία ως προς τη μεθοδολογία και την ποιότητα στην ψηφιοποίηση, τεκμηρίωση και ανάδειξη των Συλλογών του. Το σύνολο του Αρχείου ψηφιοποιήθηκε με την οικονομική συνδρομή της Ευρωπαϊκής Ένωσης και του Ελληνικού Δημοσίου και είναι διαθέσιμο στο ευρύ κοινό και τους ερευνητές.