Στόχος του Μουσείου Καζαντζάκη δεν είναι μόνο η συντήρηση και η έκθεση των συλλογών του αλλά, τοποθετώντας στο κέντρο του ενδιαφέροντός του τον ίδιο τον επισκέπτη, να παρέχει μια εμπειρία που να συνδυάζει την εκπαίδευση με την ψυχαγωγία. Για την υλοποίηση των παραπάνω στόχων του, οργανώνει ένα πολύπτυχο πρόγραμμα δραστηριοτήτων, που απευθύνεται σε διάφορες ηλικιακές ομάδες (ενήλικες, παιδιά, έφηβους, οικογένειες):

  • Εκπαιδευτικά προγράμματα για σχολικές ομάδες
  • Εκπαιδευτικά πρόγραμμα για οικογένειες
  • Εργαστήρια και σεμινάρια για παιδιά, έφηβους και ενήλικες
  • Επιμορφωτικά σεμινάρια για εκπαιδευτικούς
  • Σεμινάρια και διαλέξεις με θέμα τη ζωή και το έργο του Νίκου Καζαντζάκη
  • Πολιτιστικές εκδηλώσεις ποικίλου ενδιαφέροντος
  • Συνεργασίες με άλλους πολιτιστικούς και εκπαιδευτικούς φορείς

Το Τμήμα Εκπαίδευσης ΜΝΚ σχεδιάζει και υλοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για όλες τις τάξεις της Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης. Τα προγράμματα σχεδιάζονται σύμφωνα με τις ανάγκες και τα ενδιαφέροντα της κάθε ηλικιακής ομάδας, τις δυνατότητες και τους περιορισμούς του χώρου και το Διαθεματικό Ενιαίο Πλαίσιο Προγραμμάτων Σπουδών (ΔΕΠΠΣ), ενώ επεξεργάζονται συγκεκριμένα θέματα, προσεγγίζοντας διαφορετικές όψεις της ζωής και του έργου του Κρητικού συγγραφέα.

Αρχικός στόχος είναι η εξοικείωση των παιδιών με την έννοια «μουσείο» (τον χώρο, το περιεχόμενο των συλλογών και τον κώδικα συμπεριφοράς μέσα σε αυτό) και, κυρίως, με την προσωπικότητα και το λογοτεχνικό έργο του Νίκου Καζαντζάκη. Μέσα από μεθόδους μη τυπικής εκπαίδευσης, τα παιδιά γνωρίζουν την πολιτιστική κληρονομιά του τόπου τους, παρατηρούν τα αντικείμενα, ανταλλάζουν ιδέες και απόψεις, ερευνούν και εκφράζονται ελεύθερα με τον δικό τους μοναδικό τρόπο. 

Το Τμήμα Εκπαίδευσης ΜΝΚ έχει ως αποστολή να μετατρέψει την επίσκεψη στο Μουσείο σε μια ευχάριστη εμπειρία, προσαρμοσμένη στα ενδιαφέροντα και τις δυνατότητες των παιδιών, καλλιεργώντας μια θετική στάση απέναντι στον πολιτισμό.